فرمان فتحعليشاه حسين على ميرزا شجاع السلطنه به حكومت خراسان منصوب شد ، حاكم جديد به سرعت شورشيان را سركوب كرد و فيروز ميرزا حاكم هرات را وادار به قبول اطاعت كرد . در سال 1235 هجرى روابط ايران و عثمانى تيره شد ، زيرا فرمانده ارزروم نماينده نايب السلطنه ايران را زندانى كرد و صادق پاشا را كه تحت حمايت ايران بود به قتل رساند . به فرمان فتحعليشاه عباس ميرزا مأمور جنگ با دولت عثمانى شد و او در اين مأموريت تا بايزيد پيش رفت و به بارها سپاهيان عثمانى را شكست داد . محمد على ميرزا پسر ديگر فتحعليشاه والى عراقين از كرمانشاه عازم جنگ با عثمانيها شد و آنها را به سختى شكست داد و تصميم داشت بغداد را نيز فتح كند ، اما مرگ گريبانش را گرفت . در سال 1238 هجرى در ارزروم بين ايران و عثمانى عهدنامه‌اى بسته شد و به موجب آن دولت ايران كليه نقاطى را كه تصرف كرده بود ، به دولت عثمانى پس داد و دو دولت متعهد شدند كه از دخالت در امور داخلى يكديگر خوددارى كنند . از سال 1241 - 1243 هجرى دوره دوم جنگهاى ايران و روسيه شروع شد . اين‌بار نيز دولت ايران شكست خورد و به وساطت دولت انگلستان عهدنامه تركمانچاى بين ايران و روسيه بسته شد . به موجب اين عهدنامه ايروان و نخجوان و قسمتى از دشت مغان به روسيه تسليم شد ، حق كشتيرانى در درياى خزر از دولت ايران سلب شد و دولت ايران حق قضاوت كنسولى را براى نمايندگان سياسى پذيرفت . گذشته از اينها ملزم شد پنج ميليون تومان به عنوان غرامت جنگى به دولت روسيه بپردازد . بعد از پايان جنگ با روسيه ، توجه فتحعليشاه معطوف به قسمتهاى شرقى ايران شد . در سال 1267 هجرى عباس ميرزا را مأمور خراسان كرد . عباس ميرزا بعد از سركوبى تركمانان و خان خيوه در صدد حمله به خاك افغانستان برآمد ، زيرا در اين‌زمان افغانستان بعد از مرگ احمد شاه درانى به دليل بروز جنگهاى داخلى بين رؤساى قبايل ، از هر نظر دستخوش هرج‌ومرج شده بود . در سال 1249 هجرى عباس ميرزا پس از واگذارى حكومت خراسان به محمد ميرزا عازم تسخير هرات شد و در همين اوان به دليل كسالت فتحعليشاه ، عباس ميرزا به تهران احضار شد و در غياب او محمد ميرزا مأمور محاصره هرات شد . چون وليعهد ، عليل بود و از بيمارى رنج مىبرد ، با اجازه فتحعليشاه رهسپار مشهد شد . در طول راه مرضش